Durante el segundo gobierno de Alan García se otorgaron 232 indultos en total (72 a condenados por tráfico ilíito de drogas). Respecto a las conmutaciones de pena, se dieron 5,246 en total, de las cuales 3,207 fueron para condenados por tráfico ilícito de drogas (en 400 casos se cometieron de forma agravada). El propio presidente Alan García incrementó los años conmutados más allá de lo recomendado por la Comisión de Gracias.